Programet e studimeve të ciklit të dytë “Master Shkencor” (MSc) pranë Universitetit POLIS japin njohuri të thelluara, teorike dhe praktike, si dhe trajnim për kërkim të pavarur në një fushë brenda një specialiteti të caktuar. Këto programe realizohen me 120 ECTS dhe me kohëzgjatje normale 2 (dy) vite akademike.
Në përfundim të studimeve të ciklit të dytë lëshohet diplomë universitare “Master i Shkencave” sipas programit të studimit.
Aktualisht pranë Universitetit POLIS ofrohen disa programe studimi në këtë cikël.