Universiteti POLIS në strukturën e tij organizative përbëhet nga tre njësi kryesore, fakultetet, një qendër studimore ndërdisiplinore për inovacionin. Secili fakultet është i organizuar në njësi bazë dhe ka në përbërjen e tij dy departamente dhe një qendër kërkimore.
Pjesë e universitetit janë dhe tri njësi të afiliuara, instituti për zhvillimin e habitatit Co-PLAN, studio e arkitekturës MetroPOLIS, dhe një inkubator.