Programet e studimeve të ciklit të dytë “Master Profesional” pranë Universitetit POLIS japin njohuri të thelluara, teoriko-praktike, si dhe trajnim për pune e kërkim të pavarur në një fushë dhe brenda një specialiteti të caktuar. Këto programe realizohen me 60 kredite dhe me kohë zgjatje normale 1.5 vite akademike (ose 3 semestra). Ato janë konceptuar për ata që punojnë dhe mësojnë. Pjesmarresit në këto programe duhet të kenë kryer më parë studime dhe të jenë diplomuar minimalisht në nivel Bachelor. Por ka shumë pjesmarrës që ndjekin këto programe pas studimeve universitare (MSc), që e bëjnë këtë specializim si edukim LLL (Life Long Learning) si një mundësi per t’u specializuar, përshtatur dhe promovuar në tregun e punës. Në përfundim të studimeve të ciklit të dytë lëshohet diplomë universitare “Master Profesional” sipas programit të studimit.

Programet e studimeve të ciklit të dytë “Master Profesional” pranë U_POLIS realizohen sot bazuar në përvojat e shkelqyera te meparshme te bashkëpunimit nderkombetar, në programe të ngjashme me 90 kredite, që u zbatuan për më shumë se një dekadë në kooperim me institucione të huaja të arsimit të lartë te cilet e ndihmuan U-POLIS te ngreje kapacitete e veta, konkretisht si më poshtë vijon:
• me IHS / Universiteti Erasmus, Roterdam Hollandë, për programin “Politika Territori dhe Aplikime GIS” me specialitete në: Strehim, GIS, dhe Çeshtje sociale e burime njerzore (në kuader të Programit “MATRA Social Transformation” të qeverisë holandeze dhe shqiptare)
• me LTU Lawrence Technological University, Detroit Michigan, SHBA; dhe Grupin Kerkimor Nitro-Saggio / Universiteti La Sapienza, Romë Itali, për programin “Dizajn Parametrik” me specialitete: Arkitekturë, Strukturë estetikë, dhe Dizajn urban dhe pejsazhi.

Këto programe sapo kanë mbyllur funksionimin e tyre me sukses dhe janë riorganizuar në bazë të legjislacionit shqiptar në 2 programe Master Profesional me 60 kredite, me kohë të zgjatur (3 semestra), në mënyrë që t’ju vijnë në ndihmë atyre që punojnë dhe mësojnë”

• Master Profesional në Arkitekture Digjitale – (60 kredite, 3 semestra, me kohë të zgjatur).
• Master Profesional në Planifikim Terriori dhe GIS – (60 kredite, 3 semestra, me kohë të zgjatur).