Laboratori Mjedisit ka ndërtuar Sistemin e Menaxhimit të Cilësisë (SMC) në bazë të Standarteve ndërkombëtare duke përfituar Akreditimi i tij me date 01.03.2022, nga drejtoria e pëgjithshme e akreditimit. Laboratori i Mjedisit ofron kryerjen e analizave fiziko-kimike për një numër të gjerë parametrash duke garantuar cilësi të lartë sipas Standardit ISO 17025:2017, për këto kategori uji:
• Ujërat e pijshëm
• Shkarkimet urbane
• Shkarkimet industriale
• Pishinat
• Ujërat sipërfaqësore
• Ujërat nëntokësore
• Ujërat bujqësore

Laboratori i Mjedisit ka filluar aktivitetin e tij që nga viti 2015 me mbështetjen e Bashkimit Evropian me anën e projekteve “CONSUS” dhe “TEMPUS”, duke e pajisur laboratorin me aparatura bashkëkohore për parametrat e ujit dhe të ajrit. Ato kanë shërbyer si në praktikat e mësimdhënies ashtu edukimit të brezit të ri me mjetet, teknikat dhe strategjitë për të krijuar lidership profesional më të aftë, qytete më të barabarta, më të qëndrueshme në kohë dhe më të lidhura me mjedisin. Laboratori i mjedisit si njësi e pavarur por dhe laboratore brënda universitetit ka për qëllim që studentët të njihen me aspekte praktike të përdorimit të instrumenteve matëse dhe monitoruese, me hartat të madhesive të ndryshme dhe me kampione të burimeve natyrore si llojet e tokave, shkëmbinjve, drurëve etj.